阴阳学说，贯穿在中医学的各个方面，中医性医学亦如是。首先，在基
本的男女性别特点的识别与划分上，中医性医学认为男性属阳，女性属阴。如《素问・阴阳应象大论》所云：“阴阳者，血气之男女也。”。在《天下至道谈》中则明确指出：“是以雄牡属为阳，阳者外也;雌牝属为阴，阴者内也。凡牡之属靡（摩）表;凡牝之属靡（摩）里，此谓阴阳之数，牝牡之里（理）。”即雄性（男性）者属阳，其性器官外露可挺举，性交时只在生殖器官的外表进行磨擦;雌性（女性）属阴，其性器官内涵而隐蔽，性交时则在生殖器的里面进行磨擦。并认为这就是因为阴阳、雌雄、男女性别的特点不同的道理。
阴阳之间不仅是对立的，也是相互依存的，任何一方都要以其相对立的另一方为自己存在的条件。自然界一切事物的发生、发展、变化都是由阴阳的对立互根，矛盾统一运动的结果。中医性医学也认为，男女阴阳的性别不同，但两者又必须互依互根，才能使生命得以延续衍生。因此，男女间的性生活不仅是“人之大伦”，也是万物化生之一。所谓“男女相成，犹天地相生也”（《素女经》），“男女媾精，万物化生”（《易经》），“独阳不生，独阴不成，人道有不可废者”（《三元参赞延寿书》）。
根据阴阳对立统一的观点，中医性医学的养生学派还认为，“阴阳交合”具有补益脏腑，畅通气血，却病延年的作用，所以“人不可以阴阳不交”。否则“阴阳不交”不仅会“坐致壅阏之病”，而且也会损伤寿命。所以，那些“幽闭怨旷”长期阴阳失交，不过性生活的人，“多病而不寿”（《抱朴子内篇・释滞》）。
根据阴阳学说的观点，阴阳的平衡协调是事物发生、发展、变化的正常状态，反应在人体上则属于生理现象。一旦阴阳的平衡协调状态遭到破坏，出现阴阳的偏盛偏衰，即表现为病理状态。两性之间的行为、关系也如此，阴阳交合固定是生理之所需，但若交合失当或太过，即会导致阴阳的偏颇失调，从而诸病蜂起。因此，中国性医学强调“合男女必有则也”，即交合中必须遵守一定的法度和原则，以期达到“阴阳相感而应”，使“男致不衰，女除百病，心意娱乐气力强”的效果。为此，中国性医学对于男女性交时的体位姿式，所宜所忌，以及交接时与气功导引相结合的具体方法等等，都颇为讲求。如古人主张夫妇性交时，阴茎进入阴道宜浅不宜深。认为：“阴阳之和在于琴弦、麦齿之间、阳困昆石之下，阴困麦齿之间，浅则得气，远则气散。”（《医心方・卷二十八》）意即阴阳二气的和合协调，主要在阴茎置于琴弦（入阴道一寸处）与麦齿（入阴二寸）之间。因为阳气易困乏于阴道的昆石（约在阴道的五寸处）以下部位，阴气则易受损于阴道的麦齿以后。所以夫妇交合时，阴茎进入较浅则阴阳二气得以和谐;若进入过深时，则阴阳二气易于耗散，说明夫妇同房时阴茎进入不宜太深。同时古人还认为，阴茎进入浅不仅能使女言达到“浅则女美”的作用，而且还有利于孕育。如《千金方》说：“进火之时，当至阴节间而止，盖深则少阴之分，肃杀之方;浅则厥阴之分，融和之方。”按阴阳学说，阴主闭藏肃杀，阳主升发生长。少阴为“阴中之阴”，故称“肃杀之方”;厥阴为“阴中之阳”，故称“融和之方”。说明夫妇在性交时，阴茎进入较浅，能使阴阳二气和合协调，有利于孕育。同时，古人认为在性生活中阴阳二气失于协调，是导致男子性功能早衰的原因之一。因为，男子的性器官所处部位（在下身）“居阴而不见阳”，两性交合时，如果阴茎尚未壮盛，同表明“和气未至”（即阴阳和合之气未至），此时仓促行事，则男女不能互相感应，所谓“不刃两热”，加之体力过劳，情绪不稳，饮食失节等因素，久之便会损伤体质和性功能。因此，要防止性功能早衰，必须讲究“接阴治致之道”，交接时定要等到性器官壮大坚热且有充分准备时再徐缓进行，做到适时而不纵欲，性乐而节制泻精，如此则可以使元气储备，精液积蓄，保持性功能不衰。
此外，在性的养生保健方面，古人提出的有关“七损八益”的具体方法，其关键也在于调和阴阳二气。所谓“察阴阳失调所在，以平为期”。
阴阳，是中国古代哲学的一对范畴，用以代表具有对立统一关系的两种事物属性，以及同一事物内部相互对立的两个方面。其基本内容主要是阴阳的对立互根，消长转化。
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