在原始社会，除了性崇拜外，还有一种文化现象就是性禁忌。
所谓性禁忌主要是指在某种情况下把性看成是“危险的”、“不洁的”事物而加以禁止，有时也其“神圣”而加以禁止。
性禁忌和性崇拜有时似乎是矛盾的对立的两极，但是却是同源，即原始初民的愚昧无知。对于许多自然现象和社会现象，他们贫弱的头脑无法解释，在不能解释的秘密中难免不藏着祸害，他们对此感到恐怖和无能为力，所以就产生种种禁忌。
性交禁忌
在性禁忌中，主要是性交禁忌，它在许多不同的情况下发生。 和生产、宗教、作战有关的性交禁忌 原始初民在进行大规模的渔、猎和作战活动过程中，往往禁绝一切性交活动，违者处死。这不仅由于性活动可能导致争夺异性的纷争而使集体行动瓦解，而且也认为会受到神灵的惩罚。例如在南部非洲的巴比第斯和巴唐嘎斯人中，猎手和水手在远征前一定要禁绝性交活动，否则就认为会导致打不到鱼和猎物。在柯琴斯，妇女在用酵母酿酒的过程中必须禁绝性交活动，否则认为酿出来的酒会变苦。印第安人在远征之前也必须戒除性交活动三天三夜，否则认为远征将以失败而告终。在刚果，祭司为廉洁正义而旅行时必须戒除性关系，否则就认为会遇上灾难。
乱伦禁忌
从全世界来看，人类都经历过一个漫长的毫无限制的群婚杂交阶段。在这个阶段，母子、父女、兄弟姐妹都可以发生性交关系，这和动物无异。在动物中除了少数例外（如非洲拂拂、黑猩猩等），都无法分辨它们的血亲，所以也无法避免这种血亲杂交。可是人类在长期的血亲杂交过程中认识到这会使后代体质弱，不利于繁衍发展。例如，在100万年前，全世界人口总数约为50万，到公元前1万年，也就是新石器时代的前夕，世界人口约为300万，在近百万年间，人口才增长了5倍。可见在较长时期内人口增长率近乎零。原始初民在长期的生活实践中逐渐认识到这个问题而逐渐缩小了性交范围，严禁血亲杂交而实行族外婚。实际上，骨肉相奸即血亲杂交只存在于人类蒙昧时代的初期，到蒙昧时代中后期就普遍受到禁止，从而出现了乱伦禁忌。这种变化和社会生产力的发展也有极大的关系，社会生产力的发展使群居杂处的原始群出现分裂，使血亲禁忌成为必然和可能。
古以色列人最先明文禁止乱伦，《旧约·利未记》第18章第6～13节说；“凡你们众人，不可与骨肉之亲亲近苟合。我是主，不可与母苟合，若苟合，便辱没了父母。”古希伯莱人虽然赞同“兄终弟及”式的婚姻，但却严禁血亲之间的乱伦。“引日约·利未记”说：“你不能看你儿子的女儿或女儿的儿子的裸体”，“不能揭开一位妇女和她女儿的裸体，也不能要她儿子的女儿或女儿的女儿揭开裸体”。对于乱伦的惩罚是很重的，轻则鞭打，重则以乱石击死或活活烧死。乱他禁忌在人类发展过程中意义十分重大，它极大地提高了人的先天素质，改变了两性关系，最终导致一夫一妻制的建立和社会的相对稳定。
经血禁忌
原始初民很害怕血，因为血总是和受伤、疾病、死亡联系在一起，所以认为血是危险的、神秘的和可怕的。人类避免危险的最简单的方法是和危险物保持一定的距离，所以古代将来月经的女子视为不洁物而禁止接近。“！日约·利未记”第15章说：“妇人行经，当七日不洁。”第18章又说：“人若与行经的妇人交情，妇人虽行经也顺从他，这二人必在死中灭绝。”非洲刚果加蓬的土著人规定月经女子脱离家族，隐居在别的小屋，不许见丈夫、父亲、伯叔父的面。布西曼人相信男子被来月经的女子看见，就会当场僵直，变为“说话的树木”。新爱尔兰人将行经女子放在狭小的笼中，吊在空中，即上不着天、下不着地，以免将天地玷污了。
同样地出自对血的恐怖，也出现了处女禁忌及处女膜禁忌。如斯瓦希里人和摩洛哥人都相信女子初次性交处女膜破裂而流的血和精液混合，会变猛兽而遗害子孙。乌克兰人也以为男子与处女性交，会发狂而死。所以不少原始民族都想方设法在女子婚前破坏她的处女膜。有的民族的男子在结婚的次日将新妇的裤子交给梵僧，梵僧用优昙木接取，挂在树上，举行消祓式。初夜权的出现开始时并不是统治者对被统治者妻子的侮辱与玩弄，而是出自对新郎消灾免祸的一种措施。
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