首先，性疾病的种类多，不可能有哪种抗生素对所有的性疾病都有效。病毒引起的性疾病(生殖器疱疹和尖锐湿疣)使用抗生素根本无效。
其次，即使是细菌引起的性疾病，抗生素对其有效，但是，如果是为了预防的目的，用哪种抗生素、剂量多少，都没有严格的论证。自己随便用药，不仅不能杀灭病菌，反而会诱导病菌对抗生素的耐药性，使得以后的治疗更加麻烦。
最后，性交后使用抗生素，万一感染了性疾病，所使用的抗生素会掩盖症状，妨碍诊断，导致贻误病情。
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