性疾病对生育能力的影响大，不论是男是女，感染上性疾病后对生殖系统是绝对有影响的，但因为性疾病的致病菌复杂多样，所以危害的轻重不一，部位也不定，性疾病对生育的最大危害的主要表现就是会导致不孕不育，或者是宫外孕。
性疾病导致不孕不育主要有淋病、梅毒和非淋菌性尿道炎。男性受淋球菌和衣原体感染都可累及附睾，造成炎症性附睾肿大、疼痛，同时也可有精索和输精管炎症，引起不育症。有人对34例35岁以下的男性淋病患者进行检查，发现其中23例有淋球菌或砂眼衣原体所致的附睾炎。
性疾病影响生育能力，尤其是女性的生育能力，如果感染只限于尿道、阴道、子宫颈，未输卵管部位，而且感染短期内得到正确的治疗，未造成女性输卵管阻塞，治愈后不会影响以后的婚育。但是如果感染的时间很长，不但有阴道、宫颈的感染，同时上行导致盆腔感染，一直未经治疗或断断续续治疗，长期不愈，这种情况会导致女性输卵管粘连变形，以致输卵管闭锁，从而导致不孕不育。
另外如果性疾病没有得到及时的治疗的话就会因为感染时间过长而导致输卵管变形，即便已经治愈了(检测呈阴性)，已变形的输卵管也很难自行转变成正常的输卵管。输卵管的病变使其变得狭窄、不完全粘连，又未避孕，那精子与卵子在输卵管部位受精后，受精卵不能被顺利地送到子宫腔内，而被阻在变形狭窄的输卵管内，胚胎就会在那里不断发育，造成宫外孕。
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