1、如果避孕套表面有很小的孔洞或裂纹，阴道中的淋球菌等致病微生物仍可通过很小的孔洞造成感染。普通质量的避孕套撕破率为1%，高质量的为1‰，但如果让自己遇上，感染几率就是100%。
2、几乎所有的性病病毒都很小巧，如艾滋病的大小不到精子的1/2000，更易透过避孕套不易觉察的细小裂隙。所以即使避孕套能有效避孕，也不一定能有效防止性病。
3、一些性病的感染部位并不仅仅局限在安全套所能覆盖的地方，比如女性的尖锐湿疣病毒不仅存在于阴道，肛周也有。即使阴茎没有与阴道直接接触，如果对方的尖锐湿疣或生殖器疱疹等发生在大阴唇外侧或阴毛、外阴等处沾有分泌物，通过性生活也会传染给对方。安全套不能防止阴茎根部等皮肤的接触，也无法保证由对方生殖器内排出的分泌物不沾染到自己身上或阴部。
其他病毒，如梅毒、生殖器疱疹等，也有类似的情况。因此，不能认为安全套能100%地预防性病。除了淋病、梅毒、尖锐湿疣、非淋病性尿道炎等这些性病外，医学上也把霉菌性阴道炎、滴虫性阴道炎以及衣原体或支原体感染归入了性病的范畴，这是由于也会通过性器官进行传播。预防淋病方面，男性使用避孕套的相对风险为25-50%，女性为70-80%。
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