尽管也有报告称，长期应用雌激素者患卵巢癌的危险性有所增加。中国一些医学专家则认为，美国的数据是基于使用一种雌激素含量较高的药物作替代疗法而得出的，相对来说，我国的雌激素替代药物中激素的含量要少得多，并不足以产生增加患癌危险性的后果。
目前公认应采用激素替代治疗（简称HRT）的适应症有：
（1）人工绝经以及严重的更年期症状，影响了生活质量。
（2）卵巢功能过早衰竭。
（3）有骨质疏松症的高危情况，或经骨密度，生化检查已证明有骨质疏松症。
（4）有动脉硬化、冠心病的高危情况，如肥胖、冠心病早发的家族史、抽烟、应激、高雄激素血症、缺乏运动、高血压、血脂异常（HDL-C低或LDL-C高）、糖尿病、卵巢早衰等，过去认为高血压、血脂异常、糖尿病、心肌梗塞等情况是HRT的禁忌证，如今认为是适应症，故要小心监测。
（5）发生与激素有直接关系的阴道炎或尿道炎。
目前HRT的绝对禁忌症已大为减少，公认的有：依赖于雌激素的肿瘤（如子宫内膜癌、乳腺癌）、不明原因的异常子宫出血、严重肝病、卟啉症、现患栓塞性疾病、红斑狼疮等。用孕激素的禁忌症为脑膜瘤。有血栓栓塞性疾病史、糖尿病、胆囊疾病、子宫肌瘤、子宫内膜异位症、乳腺良性疾病、癫痫、哮喘、高血压、心脑血管病、泌乳、偏头痛、垂泌乳素瘤等情况时，应全面权衡利弊后慎用。
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