包括药物选择和用药方法不当。例如使用了耐药药物，如用青霉素治疗淋病，或不恰当药物，如用壮观霉素治疗非淋菌性尿道炎，或未使用长效青霉素治疗梅毒等。
为何有的人得了淋病、非淋菌性尿道炎后1～2年，还总是不觉得好呢？主要原因有：
治疗不当
包括药物选择和用药方法不当。例如使用了耐药药物，如用青霉素治疗淋病，或不恰当药物，如用壮观霉素治疗非淋菌性尿道炎，或未使用长效青霉素治疗梅毒等。
配偶/性伴未及时治疗
造成双方反复感染，也就是常说的“兵乓球式感染”。
未遵医嘱用药
自行减药、停药或更换药物，酗酒、进食辛辣食物、不节房事等。
有合并感染
例如淋病合并衣原体、支原体感染，某些细菌感染发生非特异性尿道炎等。
局部抵抗力下降导致前列腺炎、附睾炎、盆腔炎
由于治疗不及时、不彻底，加上机体抵抗力下降可使感染蔓延，引起前列腺炎、附睾炎、盆腔炎等疾患。
尿道黏膜炎症性损害
如水肿、增生尚未恢复，或局部神经受牵拉出现症状，总觉局部不适。
心理负担过重
多见于反复发作的淋病和非淋菌性尿道炎患者，心理负担较重，有一定文化，自己查书，了解不少专业知识，越查书越紧张，整天顾虑重重，即使已经治愈，还觉得有各种各样的不适感，如腰酸背痛、下腹隐痛、会阴坠胀、阴囊抽痛、大腿潮湿、皮肤瘙痒、头昏无力及关节疼痛等。症状时有时无，时轻时重，但医生检查并无明显体征，各项化验也正常。引起这种情况的原因，可能是患者因为得病后的精神紧张使植物神经功能失调，或炎症后的恢复过程，或者对某种物质过敏等，并不是疾病没有治好。如果经过多次体格检查及化验检查均正常，就不必耽心，适当转移注意力，加强营养与锻炼，或服用一些中药调理一下，会慢慢好起来的。
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