睾丸发育不良或者是睾丸发育异常目前来说是没有好办法可以治疗的。如果说精子质量没有受到影响则可以通过试管婴儿的方式生育。睾丸发育不良属于先天性疾病，有的甚至使得男性完全丧失生育能力。少数人也可有性功能的存在。如果是睾丸体积以及小于6立方厘米，则性能力也可受到影响。
睾丸发育不良可以是多睾症，是一种极为罕见的先天性异常。多睾畸形大部分是在无意中发现阴囊或腹股沟处有一包块或因睾丸扭转就诊时被发现，多余的睾丸极少能正常发育，长期异位存在并萎缩的睾丸尚有恶变的可能。
睾丸发育不良可以是无睾症，即男人没有睾丸，这种情况十分罕见，单侧无睾多发生于右侧，并且常伴有对侧隐睾，双侧无睾常导致性别的异常，一般性功能也会明显缺乏，病因可能是在胚胎时期睾丸被毒素抑制，或继发于血管的闭塞或外伤引起睾丸萎缩。
睾丸发育不良还可以是在胚胎时期由于血液供应障碍或在睾丸下降时发生精索扭转，均可引起睾丸发育不全，在性幼稚及有垂体功能减退时，也可发生睾丸发育不全。
睾丸发育不良的疾病当中隐睾症可做治疗。在病人出生后上个月左右时刻采用促黄体生成激素释放激素抑制剂进行鼻部喷雾给药的方式加以治疗，或者是使用绒毛膜促性腺激素肌肉注射的方式加以治疗。还可通过睾丸下降固定手术做治疗。
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