卫生部２００９年４月３０日印发的《人感染猪流感诊疗方案（２００９版）》中指出，人感染猪流感的诊断主要结合流行病学史、临床表现和病原学检查等，临床上早发现、早诊断是治疗的关键。
同时，诊疗方案还详细介绍了人感染猪流感的诊断标准，具体有以下四种情况：
医学观察病例：
曾到过猪流感疫区，或与病猪及猪流感患者有密切接触史，１周内出现流感临床表现者。列为医学观察病例者，对其进行７天医学观察（根据病情可以居家或医院隔离）；
疑似病例：
曾到过疫区，或与病猪及猪流感患者有密切接触史（也可流行病学史不详），１周内出现流感临床表现，呼吸道分泌物、咽试子、痰液、血清Ｈ亚型病毒抗体阳性或核酸检测阳性；
临床诊断病例：
被诊断为疑似病例，且与其有共同暴露史的人被诊断为确诊病例者；
确诊病例：
从呼吸道标本或血清中分离到特定病毒；ＲＴ－ＰＣＲ对上述标本检测，有猪流感病毒ＲＮＡ存在，经过测序证实，或两次血清抗体滴度４倍升高，可确诊为人感染猪流感。
甲型Ｈ１Ｎ１作为流感的一种，可以用传统的中医理论和方法进行治疗，从中医角度讲，流感是感受外来邪气，客于肺经，闭其清道，肺气不得下降，其人必定流清涕、发热、恶风、恶寒、头疼身痛等情形。法宜宣散，如桂枝汤、麻黄汤、葛根汤之类。如不能及时治疗会转为内伤，引发肾阳衰而阴寒内生，肾络通于肺，心肺之阳不足，不能统摄津液，而流清鼻涕，患者必定没有外感的足征，多困倦无神，或喷嚏不休，或两脚冰冷，法宜扶阳，如四逆汤、白通汤、封髓丹、麻黄附子细辛汤、姜桂汤之类。
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