在西医尚未有治疗和预防手足口病的药物之时，中医根据对症施治的原理，提出了预防手足口病的方药，从清热、化湿两个方面进行。
手足口病是一种常见的小儿传染病，目前西医尚没有疫苗和特效治疗药物。据参与《广东省中医药防治手足口病临床技术方案》制定工作的一位专家介绍，手足口病属于中医理论里“温病”的范畴，被称为湿热疫毒，而中医对温病治疗素有成效。这次讨论的方案初稿将手足口病分为“常证”和“变证”两大类六个证型，主张分别对症施治。其中，目前因引发严重并发症导致死亡病例出现的EV71感染，大致可被归入“变证”一类。
中医儿科专家介绍，对手足口病采用清热、解毒、化湿为主的防治办法。预防手足口病，除了强调清热，更要注意化湿，因此，不主张一味地让孩子喝板蓝根冲剂清热。
中医推荐，可将金银花、茵陈、生薏仁、大青叶(即板蓝根的叶子)、甘草等放入水中，煮开后20分钟倒出，当茶饮用。“喝三五天就可以，但体虚、容易拉肚子的孩子不要喝。”
对于口里长疱疹、有溃疡、口气臭的孩子，除了上面预防手足口病的方子外，还可用灯心花、藿香、生石膏、防风、淡竹叶煎水饮用，可清心火。对于食欲不振的孩子还可在灯心花方子里增加麦芽，以开胃。
如果孩子手足出现疱疹，则可采用外洗法，用野菊花、紫草、地肤子、苦参等煮沸，冷却至适中温度时浸泡手足，以起到清热、化湿、凉血的作用。
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