病毒感染
病毒感染是诱发儿童与青少年睾丸萎缩最常见的病因，尤其是流行性腮腺炎病毒。当睾丸受病毒侵袭后，睾丸内的生精组织会受到破坏，睾丸体积缩小，质地变软。
损伤或撞击
阴囊或睾丸部位发生过撞击性伤害，造成阴囊血肿或睾丸裂伤等，即使创伤愈合，睾丸也会长期处于供血不足状态，发生萎缩。
重度睾丸炎
发病时睾丸肿胀、疼痛，可以持续多日。由于细菌侵犯而造成睾丸组织被破坏，导致睾丸组织发生萎缩。
放射性物质影响
凡是较长时间接触放射性物质者，例如长期接触X线、同位素等职业人员，如未做良好保护，会引起睾丸萎缩。
内分泌疾病
睾丸是一个内分泌器官，主要产生雄激素，而身体中许多指挥内分泌的器官，如脑垂体、肾上腺、丘脑下部等出现疾病，都会干扰睾丸的功能，引起睾丸萎缩。
药物影响
长期服用某些有毒性药物，或者反复使用对抗雄激素的雌激素类药物，都会引起睾丸萎缩。
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